Крах цивилизации

[michaelkoloboff]

82 new Omicron cases in S'pore, spike due to change in Covid-19 testing practice: MOH
Дальше заголовка уже можно не читать, но детали тоже интересны что же они поменяли в тестировании - я сегодня не поленился и ссылку вставил, оно того стоит:
"From today, Covid-19 cases tested positive for the S-gene target failure (SGTF) will be categorised as Omicron cases, without additional whole genome sequencing (WGS)."
"Based on our local experience, if a person tests positive for SGTF, it is very likely that it is an Omicron variant."
Другими словами вы берете RCL-метр, суете в щупы в электрическую розетку, прибор (ессно) ничего не показывает, откуда вы делаете вывод, что в розетке нет напряжения "потому что всегда так было" и можно в нее лезть голыми руками.
---
Вот на что обратите внимание. С момента обнаружения вариант оф консерн прошел уже месяц, а праймеров для ПЦР-теста на мороник до сих пор не появилось, и видимо в ближайшее время не ожидается (раз уже приходится таким образом менять процедуру тестирования).
Шоб вы понимали, геном оригинальной альфы китайцы опубликовали 11 января, а первый пациент был протестирован в Малайзии (Карл!) 24 января - праймеры и вот это вот все уже было произведено и распространено.
Объяснений может быть несколько, вот вам парочка для затравки:
а) да всем похуй. Нет реальной нужды что-то там тестировать, что мороник, что хуеник, нет никакой реальной опасности, а посему цифры какие надо те и нарисуем, зачем бабло зря тратить на новые тесты?
б) в конце второго года безумия мы уже (как цивилизация) не в состоянии наладить ни производство ни логистику, даже в такой богатой стране как Сингапур - ни за какие деньги, и даже в такой тоталитарной стране как Сингапур, которую всегда ставили в пример по качеству государственного управления - никакими усилиями правительства.
---
14 active facilities set up for close contacts of Covid-19 cases, 12 more to be converted if needed: MOH
Что у государства всегда хорошо получается - строительство концлагерей, в данном случае на 11 тыс мест.

Comments

[rampitec]

Погоди, я правильно понял их мысль: тебе сделали тест, если он позитивный, это дельта. Если негативный - омикрон. Так, да? А здоровых не бывает?

И вот ещё третий вариант: у китайцев и вирус этот и тесты в лабе давно уже были налажены.

[michaelkoloboff]

Ага. Решен вечный вопрос с недообследованными.

[rampitec]

Правильно! Здоровых у нас не обследуют!

[michaelkoloboff]

Милиция зря бить не будет.

Не ну есть еще вариант

[rotbar]

Тесты выявляют и Дельту и Омикрон, а разницу-пiхуй?

Re: Не ну есть еще вариант

[michaelkoloboff]

Если тест выявляет дельту - это дельта, если тест не выявляет дельту - это мороник. Вот такая "логика".

Re: Не ну есть еще вариант

[torrentotempo]

Не, тут вы не правы. (Большинство?) ПЦР-тестов нацелены на три гена-мишени к короне: S, N и ORF1ab. У омикрона мутация в S белке, поэтому, в идеале, на него срабатывают только два гена-мишени. В процитированной вами статье написано несколько мутно,но скорее всего MOH использует обратную логику: если сработали только N и ORF1ab мишени, то наиболее вероятно, что это омикрон. В целом, я считаю это адекватным решением.

Re: Не ну есть еще вариант

[michaelkoloboff]

Ваш подход был бы адекватным, если бы вы уже точно знали, что товарищ болен и надо лишь понять дельтой или мороником, но в нашей ситуации не так - по этому тесту ставится диагноз.
В ноябре результат "2 лампочки" считался бы негативным, а поциент - здоровым. По новым правилам он будет считаться больным мороником. Это диагностика на уровне "раз у него не понос, значит точно золотуха".

Re: Не ну есть еще вариант

[torrentotempo]

Да нет же. Все три гена (S, N и ORF1ab) — части нового коронавируса. И пациент только лишь с N и ORF1ab не считался бы здоровым и раньше: на альфу тоже не срабатывал тест на S, а этот ещё прошлогодний штамм.

Re: Не ну есть еще вариант

[michaelkoloboff]

Т.е. наши подозрения, что тесты - это шляпа, совсем не подозрения.

Re: Не ну есть еще вариант

[torrentotempo]

Я не понимаю, откуда такой вывод. S-тест не срабатывает на альфу и омикрон, не потому что он сам по себе хуёвый, а потому что в этих вариантах S-белок мутировавший. Если адаптировать S-тест на них, то тогда он для всех других вариантов не будет работать. Я полагаю, что именно поэтому и тестируют сразу на несколько разных частей вируса. Чисто теоретически, возможно существует и лучший набор маркеров, но пока комбинация из этих трёх выглядит достаточной.

Re: Не ну есть еще вариант

[michaelkoloboff]

Потому что чтобы делать вывод "это мороник" мы должны именно мороник и мерять. Если делать не так, то получается Три-Майл-Айленд: мы проверяем не закрытие клапана, а подачу команды на его закрытие, из чего делаем вывод (неправильный), что клапан закрыт. Assumption is the mother of all fuck-ups.

Re: Не ну есть еще вариант

[torrentotempo]

Вы, вроде, практик, а пишете такие странные вещи. Чтобы быть чётко уверенными, что это омикрон, надо в **каждом** случае проводить полное секвенирование генома, а это дорого и долго. В противном случае, любой другой тест, пусть хоть и на 50 вирусных генов, не гарантирует, что не будет отличий от оригинала в 51-ом.

По факту, если из популярных вариантов только омикрон и альфа не реагируют на S-тест, и в данный момент соотношение этих двух вариантов в популяции, предположим, 100-к-1 (если не 1000-к-1) то, исходя из практических соображаений, лично у меня не вызывает неприятия запись их всех как омикрон.

Можно, конечно, потратить намного больше денег и установить, что, предположим, из этих 82 пациентов из статьи, только у 80 омикрон. И чё дальше? На что это повлияет?

Re: Не ну есть еще вариант

[michaelkoloboff]

Именно как практик и говорю: так нельзя делать, потому что в результате данного подхода - гарантированный леденящий душу пиздец. Собсно мы его два года и наблюдаем, когда меры принимаются на основе предположений и моделей, а не данных. Говно на входе - говно на выходе.
И вот мы читаем в новостях: In its update, MOH said there are 448 confirmed Omicron cases detected in Singapore. - а эти случаи нихуя не confirmed от слова совсем.

Re: Не ну есть еще вариант

[torrentotempo]

А как бы вы организовали тестирование в данном случае? Если у вас есть какие-то конкретные идеи, как улучшить точность без существенной просадки в цене и сроках, может стоит попробовать взять у правительства какой-нибудь мини-грант под это дело? Всё равно уже практически свернули свой прошлый бизнес, а гранты под ковидлу, я думаю, они сейчас щедро раздают. Заодно у вас будет возможность проходить ежедневное тестирование забесплатно и без отрыва от производства.

Re: Не ну есть еще вариант

[michaelkoloboff]

Ответ как бы есть прямо в моем посте - праймеры для мороника должны быть в наличии уже две недели как. Цена праймеров (как и ПЦР-девайсов) - копеечная. Запустить параллельно оба теста и посмотреть кто из них дельта, а кто мороник - ничего не стоит.
Но тут явно дело не в деньгах, а чисто в нагнетании паники. Есть раскурченный за месяц новый кошмарный вариант - его и доят.
Гранты выделяются кому надо, дававйте без иллюзий. С месяц назад была статья про местных производителей (вроде тестов), я поленился ее процитировать, вкраце: они не могут получить лицензию на поставки внутри страны, лицензирующий орган их отфутболивает "только по специальным приглашениям", а кто выдает эти приглашения - никто не знает. Импорт из Китая лицензии получает, но не все опять же, а как получить чтобы человеку с улицы - ХЗ.

Re: Не ну есть еще вариант

[xxlcaliber]

Он говорит о том, что от "very likely that it is" "до will see a one-time substantial increase" установится странная связь при предлагаемом алгоритме тестирования. Мало чего отражающая.

Re: Не ну есть еще вариант

[michaelkoloboff]

Более ширше. Это подлог: измеренная "не-дельта" называется "подтвержденный мороник". Ессно, это не доказывает, что они таким же образом обращаются и с другими данными. Но если уподобиться, то вполне можно было бы и заявить "very likely that it is".

Re: Не ну есть еще вариант

[xxlcaliber]

То есть для внутренней инвентаризации это еще как то катит, а для общемировой статистики нет. Тем более не может быть базисом для академических выводов.

Re: Не ну есть еще вариант

[wererat]

---> Чтобы быть чётко уверенными, что это омикрон, надо в **каждом** случае проводить полное секвенирование генома, а это дорого и долго.

Да что это Вы несёте? Достаточно добавить к матрицам ПЦР праймер на микронный S-ген, вот и вся недолга. Все эти три ПЦР-матрицы были сделаны меньше чем за две недели, а счас чё -- разучились? =) Отсюда и вопросы.

Впрочем, я полагаю, эта шляпа открываетс просто: если горят лишь двже лампочки из трёх, то можно насчитать ГОРАЗДО больше коварного мороника, вот и всё...

Re: Не ну есть еще вариант

[torrentotempo]

Каждый из этих трёх тестов идёт на конкретный ген вируса. Если вы обновите в ПЦР-тесте только S-тест, то как вы убедитесь, что все остальные гены вируса остались без изменений?

Re: Не ну есть еще вариант

[wererat]

Не понял. Сейчас на "мороник" остальные две лампочки срабатывают же? В чём, собственно, надо убеждаться, я непонело?

Re: Не ну есть еще вариант

[torrentotempo]

Срабатывают. И что из этого? Я тоже ни черта не понимаю, что вы мне пишете.

[sobriquet9]

Берём RCL-метр, для одной детали он показывает ненулевое сопротивление, ёмкость и индуктивность, для другой - ненулевое сопротивление и ёмкость, но нулевую индуктивность. На основании этого отличаем одну деталь от другой. Обе при этом отличаются от коротыша, у которого всё по нулям.

[michaelkoloboff]

Ты видишь разницу между "не-А" и "Б"?
Это идет в статистику как "confirmed Moronic", хотя на самом деле это "подтвержденная не-дельта", не более.

[sobriquet9]

Не "подтверждённая не-дельта", а "подтверждённый SARS CoV-2, при этом не альфа, не бета, не гамма, не дельта, не лямбда, не мю, не эпсилон, не зета, не эта, не тета, не йота, и не каппа, так что методом исключения или омикрон, или новый, никому ранее неизвестный штамм, возможно что мутировавший омикрон". По теореме Байеса, решение "подтверждённый омикрон" в таких случаях вполне оправдано.

[wererat]

Звучит красиво, но ТРИ матрицы в тесте были сделаны вовсе не для такого гадания по потухшей лампочке, а вовсе для повышения надёжности -- чтобы поменьше было ложно-позитива (и то мы знаем, что ложнопозитивы весьма частая история даже с тремя матрицами). Теперь же вместо того, чтобы добавить четвёртую матрицу (что ни с какой стороны не проблема), предлагается ещё больше снизить надёжность -- странно всё это. Похоже, что цель -- выявить побольше зловещего омикрона, а насколько надёжно -- всем пох.